1 Overview
Kyterneser is the original faction name of the Ghorkov that is initially assigned by the German TerraTools developers. Its etymology is uncertain, but the word is cognate with the German word for cybernetics, 'Kybernetik'.
Aside from the name change, the core concept and design of the faction remained identical throughout the development for the most part. However, Microsoft wanted to give the faction a more distinctly Eastern European/Russian sounding name. So the faction name was eventually changed to Ghorkov in the final version of the game.
Some of the original names of the Ghorkov units were also more directly evocative of 'Eastern European/Russian' languages (such as 'Yuri-Trak', 'Yak-131', 'Mrat 9', and 'Mrat 17'), but they were all changed to the other names in the end for unclear reasons.
2 Metropolis Dawn
In Metropolis Dawn Ghorkov campaign, the designer Stefan Karau further canonised the distinction between these two names; so that the term Kyterneser is the endonym used by the Ghorkovians to refer themselves, while the term Ghorkov is labelled as the exonym used by the other factions to refer the Ghorkovians.
It is also very much possible that the term Ghorkov refers to the Eastern European branch of the faction while the term Kyterneser refers to the Northeastern Asian branch of the faction.
3 References
Quote from Stefan 'OPTI' Karau (one of the original UA developers and the Ghorkov campaign creator):
Die Ghorkov-Kampange wurde dann von mir selbst gänzlich geschrieben. Einerseits konnte ich den kommunistischen Stil, aus eigener, leidvoller Erfahrung, überspitzt und doch nachvollziehbar unterbringen. So wurde auch diese Fraktion besser verortbar, als Nachfolgersystems des nordöstlichen Asiens. Natürlich hatte ich an die Russen gedacht. Und weit her musste ich die Gesetzestexte nicht nehmen. Stalin hatte bereits in den 50er Jahren ein Gesetz erlassen, wonach Kinder ab dem 12. Lebensjahr mit der Todesstrafe bestraft werden können. Das einfach übertragen auf die Zukunft, in der Körperteile Ersatzteile sind und schon hat man die tragende Story. Garniert mit mir bekannten Slogans, damals nannte man sie Parolen und sind doch nichts anderes mit Propaganda. Und die Propaganda machte es mir es auch möglich, die Ghorkov mit ihrem eigentlichen Namen (der von MS damals nicht gewollt wurde) wieder auftauchen zu lassen: Kyterneser.